Vologda nằm ở hữu ngạn của con sông cùng tên, là một tuyến đường thủy cổ đại nối thành phố này qua lưu vực sông Sukhona và Sheksna với Arkhangelsk.
Lần đầu tiên trong các nguồn lịch sử, thành phố được đề cập đến vào thế kỷ XII. Vào thế kỷ 15, Vologda được trị vì bởi Veliky Novgorod. Từ năm 1462 trong hai mươi năm Vologda là trung tâm của công quốc phụ quyền, nhưng từ năm 1481, nó nằm dưới sự cai trị của công quốc Moscow, người cai trị lúc đó là Ivan III.
Năm 1565, Ivan Bạo chúa quyết định thành lập dinh thự oprichnina thứ hai của mình ở Vologda. Ông muốn xây dựng một điện Kremlin bằng đá và một pháo đài ở đây. Hàng ngàn nghệ nhân và nông dân đã dồn đến Vologda, và công trình do kỹ sư người Anh H. Locke đứng đầu. Trong kế hoạch, Điện Kremlin là một hình chữ nhật. Ở phía bắc, nó được bảo vệ bởi sông Vologda, và hai bên là một con hào có nước được đào. Nhưng cuộc tấn công của Hãn Krym vào năm 1571 và bệnh dịch bắt đầu ở Vologda đã buộc Ivan IV phải quay trở lại Moscow. Với sự ra đi của nhà vua, việc xây dựng ngừng lại.
Do không có các công sự nghiêm trọng, Vologda đã phải hứng chịu nhiều thiệt hại từ cuộc xâm lược của quân đội Ba Lan-Litva vào năm 1612. Nhưng thành phố đã nhanh chóng được xây dựng lại và thậm chí còn vượt quá kích thước cũ của nó. Đến cuối thế kỷ 17, trung tâm lịch sử của Vologda bao gồm 4 phần: Thành phố, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad và Zarechye. Tuy nhiên, vào đầu thế kỷ 18, vị thế kinh tế của Vologda phần nào suy yếu do sự thành lập của St. Petersburg và sự phát triển của thương mại ở biển Baltic.
Năm 1708, Vologda được hợp nhất vào vùng Arkhangelsk. Nhưng vào năm 1719, thành phố đã trở thành trung tâm của tỉnh Vologda, và vào năm 1796 - trung tâm của tỉnh Vologda, tồn tại cho đến năm 1929.
Vào thế kỷ 19, thành phố trở thành nơi lưu đày chính trị của nhiều thành viên trong giới trí thức. Năm 1918, Vologda đóng vai trò là “thủ đô ngoại giao” của Nga trong 5 tháng. Sau khi Hiệp ước Hòa bình Brest được ký kết, các đại sứ quán và phái bộ của 11 quốc gia lớn tạm thời chuyển đến đây, cụ thể: Mỹ, Anh, Pháp, Nhật, Trung Quốc, Brazil, v.v.
Giờ đây, Vologda là một trung tâm du lịch nổi tiếng được cả người Nga và du khách nước ngoài đến thăm.
