Các con sông của Tajikistan đều chảy hoàn toàn và chủ yếu thuộc lưu vực Biển Aral. Và chỉ một số ít chảy vào vùng nước của Hồ Karakul hoặc sông Tarima.
Sông Amu Darya
Kênh Amu Darya đi qua lãnh thổ của bốn quốc gia cùng một lúc - Afghanistan, Tajikistan, Uzbekistan và Turkmenistan. Tổng chiều dài của kênh là 2.400 km. Trong số này, 1.415 km đi qua đất nước. Nguồn của Amu Darya được hình thành bởi sự hợp lưu của hai con sông - Vakhsh và Pyanj. Cửa sông là vùng nước của biển Aral (tại nơi hợp lưu nó tạo thành một vùng đồng bằng rộng lớn).
Có ít phụ lưu gần sông. Trung bình, Amu Darya tiếp nhận các vùng nước của Kafirnigan, Surkhandarya và Sherebad, cũng như một nhánh bên trái - sông Kunduz. Và xa hơn nữa, lên đến nơi hợp lưu, không còn những nhánh sông nữa. Nước của con sông được sử dụng tích cực, và do đó Amu Darya không đến được Biển Aral. Đây chính xác là những gì đã trở thành một trong những lý do khiến nó bị khô.
Trong vùng biển của Amu Darya, có khá nhiều giống cá khác nhau: asp; người hói đầu; cá da trơn; cá tráp; cá sabrefish; cá chép bạc; Amur trắng; ghét bỏ.
Sông Vanj
Một trong những con sông, kênh nằm độc quyền trên lãnh thổ của Tajikistan. Nó là một phụ lưu bên phải của sông Pyanj. Tổng chiều dài của sông là 103 km. Nguồn được hình thành bởi sự hợp lưu của hai con sông - một con chảy xuống từ các sông băng của rặng Vanch, con còn lại từ sườn núi của Viện Hàn lâm Khoa học (sườn phía tây). Kênh chạy giữa các rặng núi Vanch và Darvaz.
Sông Kashkadarya
Về mặt lãnh thổ, lòng sông đi qua các vùng đất của Tajikistan (vùng Sughd) và Uzbekistan (vùng Kashkadarya). Thông thường, sông có ba tên: ở thượng lưu - Obikhunda; khóa học giữa - Shinachasai; thấp hơn - Maimanakadarya.
Tổng chiều dài của kênh là 378 km. Đầu nguồn của sông ở độ cao 2960 mét so với mực nước biển và được hợp thành bởi hai con sông không tên. Các phụ lưu chính: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Sông Muksu
Tổng chiều dài của kênh là 88 km. Muksu nằm ở vùng Jirgatal của Tajikistan. Nguồn là nơi hợp lưu của hai con sông: Seldara và Sauksoy (sông băng Fedchenko và Bolshoi Saukdar).
Sông Kuzylsu
Kyzylsu, có nghĩa là "sông đỏ", chảy qua lãnh thổ của Kyrgyzstan và Tajikistan. Nguồn là các sườn của Dãy Trans-Alai. Tổng chiều dài của kênh là 235 km. Tại nơi hợp lưu với sông Muksu, nó tạo ra sông Vakhsh.
Sông Vakhsh
Tổng chiều dài của kênh là 786 km và tất cả đều đi qua lãnh thổ của Tajikistan. Nguồn của sông nằm trên sườn núi Pamir, nhưng nơi hợp lưu của nó với nước của sông Pyanj làm phát sinh Amu Darya vĩ đại. Sông là nguồn chính để tưới tiêu cũng như sản xuất điện.